L'associazione è stata fondata a Roma, il 22 novembre 1952, dai rappresentanti di 241 Comuni appartenenti a 26 Province di ogni parte d'Italia. UNCEM si è impegnata attivamente in favore della montagna italiana sin dai primi anni di vita, ma è stato soprattutto negli anni Settanta che si è parlato di "momento nuovo" per la montagna italiana: in quegli anni furono istituite le Regioni a Statuto ordinario e nacquero le Comunità montane, istituite dalla legge 1102. L'ultima legge per la montagna è la n. 97 ed è stata approvata dal Parlamento il 30 gennaio 1994. La nuova legge fu pensata per sostituire la precedente 1102 divenuta inadatta alla realtà montana e ai numerosi cambiamenti avvenuti negli ultimi 25 anni Quale Molta strada è stata fatta dalla prima rivendicazione dei diritti per tutte le popolazioni alpine del 19 dicembre 1943, quando fu stilato il documento noto come la "Carta di Chivasso".

Oggi UNCEM dispone di una propria sede a Roma e intrattiene strette relazioni con soggetti pubblici e privati interessati allo sviluppo delle tematiche montane. I suoi Organi si rinnovano ogni cinque anni. L'attuale presidente è Enrico Borghi. L'associazione dispone di un collegamento internet, ha istituito il sito web www.uncem.it, per la comunicazione e la diffusione delle proprie iniziative, e pubblica il quindicinale "UNCEM NOTIZIE", per la puntuale informazione degli Enti associati, delle Istituzioni pubbliche nazionali e regionali e degli altri soggetti con i quali intrattiene relazioni a diversi livelli. Negli ultimi venti anni UNCEM ha conseguito una rilevanza sempre maggiore nella formulazione di leggi e provvedimenti a livello locale assicurando, in tale ambito, un costante apporto propositivo su tutte le tematiche che riguardano l'assetto e lo sviluppo dei territori montani dal punto di vista sociale, economico ed istituzionale.